文来中学日本课程采用3.5年创新学制，前两年重点强化日语应用能力与学科基础知识，后1.5年衔接日本姐妹高中课程。学生在完成上海市高中会考要求后，可同步获得中日双高中文凭，具备直接参加日本留学生考试（EJU）资格。
| 学年段 | 语言课程 | 理科模块 | 文科模块 |
|---|---|---|---|
| 高一基础年 | 综合日语/现代文 | 数理化生基础 | 日本文化通识 |
| 高二深化年 | 学术写作/文献研读 | 物理化学专题 | 社会课题研究 |
实行双班主任协同管理模式，日方教师负责学术规范培养，中方教师侧重生活指导。每月开展跨文化适应工作坊，定期组织模拟留学生活场景，包括：
JLPT阶梯式教学，N3达标率98%
EJU考试针对性训练体系
