日本轨道交通系统在车站管理方面建立了一套独特机制。检票口作为进出站核心区域，所有乘客必须通过闸机验证车票。这种严格的管理模式与欧美国家开放式车站形成鲜明对比，体现了日本轨道交通对运营秩序的极致追求。
| 座位类型 | 预定方式 | 使用规范 |
|---|---|---|
| 指定席 | 发车前30分钟预定 | 对号入座严禁更换 |
| 自由席 | 现场选择 | 先到先得原则 |
特别值得注意的是部分列车配备可旋转座椅，乘客可根据同行需求调整座位方向。这种设计在长途线路中尤其受到家庭旅客的欢迎。
部分观光列车采用传统和室设计，乘客需遵循脱鞋礼仪进入榻榻米车厢。这类特色列车常配备观景大窗，提供地方特色便当，成为移动的文化体验空间。
日本轨道交通实行出站回收车票制度，这与多数国家允许保留车票作为纪念的做法不同。特殊情况下，乘客可向站务人员申请车票留存，但需说明具体理由。
东京轨道交通系统由不同运营主体构成：
这种多元运营体系导致特急列车票务规则存在差异，建议乘客提前确认所乘线路的具体要求。
